В статье рассматриваются правовые и организационные проблемы функционирования пенитенциарной системы в условиях режима военного положения. Отмечается, что сложность организации деятельности в условиях данного правового режима связана с недостаточным правовым регулированием, что приводит к снижению качества обеспечения безопасности. Предлагаются меры по совершенствованию законодательного регулирования путем внесения изменений в федеральные законы, а также создания специального нормативного правового акта, который урегулирует порядок действий сотрудников пенитенциарных учреждений.