В статье рассмотрены актуальные теоретические и практические проблемы реализации порядка взыскания вреда, причиненного водным объектам. Анализируется правовая позиция органов судебной власти, касающаяся понятия и признаков такого вреда, порядка его исчисления, его соотношение с платой за негативное воздействие на окружающую среду. Выявлено противоречие между экосистемным подходом в юридическом понятии вреда, причиненного водным объектам, и правоприменительной практикой в части доказывания факта причинения вреда и определения его размера, основанной на применении системы нормативов допустимого воздействия на водные объекты.