В настоящей статье исследована правовая природа мотивированного мнения налогового органа как итогового документа, принимаемого в процедуре налогового мониторинга, с учетом решаемых им задач, изначально сформулированных законодателем при внедрении новой формы налогового контроля. Автор обосновывает возможность судебного обжалования мотивированного мнения налогового органа в контексте его правовой природы как ненормативного (индивидуального) акта. С учетом имеющейся правоприменительной практики автором предпринята попытка оценки способов защиты прав налогоплательщиков в случае несогласия с содержанием мотивированного мнения и перспектив развития правового регулирования и правоприменения в этой области.