В статье подтверждается авторская позиция об отнесении государственного контроля (надзора) к административному надзору, что позволяет его отграничивать от собственно контрольной деятельности как функции управления, которая присуща всем социальным системам, в том числе системе органов публичной власти и публичному управлению. Анализируется теоретическая основа ведомственного контроля в системе органов исполнительной власти, к видам которого на федеральном уровне предлагается отнести контроль федеральных министерств в отношении подведомственных федеральных органов исполнительной власти; контроль федеральных органов исполнительной власти в отношении подведомственных им организаций; контроль федеральных органов исполнительной власти за осуществлением переданной части своих полномочий соответствующими органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации. Рассмотрена правовая база контроля федеральных органов исполнительной власти за эффективностью и качеством осуществления органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации переданных им полномочий, а также ведомственного контроля качества и безопасности медицинской деятельности, выявлены недостатки и предложены пути их устранения.