В статье на основании результатов авторского исследования, обобщения точек зрения исследователей, анализа содержания действующего законодательства и правоприменительной практики выявлены основные противоречия в сфере применения альтернатив уголовному преследованию, основанных на действии принципа презумпции невиновности.