В статье исследуется взаимосвязь финансовой безопасности и санитарно-эпидемиологической безопасности в системе публично-правового регулирования. Обосновывается, что санитарно-эпидемиологическая угроза имеет не только медико-социальное, но и финансово-правовое значение, поскольку обусловливает изменение структуры публичных расходов, перераспределение бюджетных ресурсов, усиление межбюджетной зависимости и возникновение рисков устойчивости публичных финансов. Показано, что финансовая безопасность в рассматриваемой сфере выполняет не вспомогательную, а обеспечивающую и одновременно превентивную функцию. Раскрываются основные элементы финансово-правового механизма противодействия санитарно-эпидемиологическим угрозам. Обосновывается необходимость развития риск-ориентированной модели финансового обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения.