Статья посвящена исследованию проблем защиты конфиденциальности медицинской информации как особой функции государственной власти в контексте цифровой трансформации здравоохранения. Актуальность проблемы обусловлена внедрением ЕГИСЗ, возрастанием экономической ценности медицинских данных, опытом пандемии COVID-19, фрагментарностью правового регулирования и вызовами глобализации медицинских услуг. Анализируется многоуровневая система правового обеспечения конфиденциальности медицинской информации в Российской Федерации, выявляются проблемы терминологической несогласованности, недостаточной определенности критериев правомерности раскрытия данных, пробелы регулирования обработки биометрической и генетической информации. Исследуются новые риски цифровой эпохи: уязвимость централизованных информационных систем, проблема реидентификации обезличенных данных, этико-правовые дилеммы применения искусственного интеллекта.