В статье анализируются принципы и правила построения структуры военных министерств и ведомств, на основе Положения о военном округе Вооруженных Сил РФ выявляются пробелы и противоречия правового регулирования в сфере возложенных на него задач. Автор делает вывод о проведении военных реформ без соответствующего юридического оформления изменения организационной структуры подчиненных Минобороны России органов военного управления. Кроме того, до настоящего времени не разработано цельного механизма оперативного подчинения и подчинения по специальным вопросам воинским руководителям не подчиненных им воинских формирований.