В статье проведено исследование правовой природы экспертизы в системе налогового контроля, выявлены проблемы правового регулирования и правоприменительной практики ее назначения и проведения. Раскрыта роль экспертизы как важного источника доказательств, полученных при проведении мероприятий налогового контроля нарушений, проведен анализ особенностей правового статуса эксперта и процессуального положения налогоплательщика при назначении экспертизы. Выявлены проблемы, связанные с отсутствием четких критериев процедуры выбора эксперта. Обоснована необходимость совершенствования нормативного регулирования института экспертизы и разработки методических подходов к ее применению в целях повышения эффективности налогового контроля.