В статье рассматриваются проблемы, возникающие в процессе реализации государственных программ по предоставлению льготной ипотеки при осуществлении индивидуального жилищного строительства в рамках национальных проектов и государственных программ, направленных на достижение стратегических целей развития страны, в том числе улучшение жилищных условий и обеспечение граждан жильем. Анализируются существующие механизмы защиты прав граждан в сфере индивидуального жилищного строительства. Делается вывод о пробелах в регулировании индивидуального жилищного строительства, асимметрии интересов сторон, являющихся основными участниками правоотношений, возникающих при индивидуальном жилищном строительстве (банки, потребители, подрядчики, операторы государственных программ, государственные органы), несовершенстве публичных механизмов восстановления нарушенных прав потребителей от недобросовестных подрядчиков. Предлагаются рекомендации по совершенствованию правового регулирования индивидуального жилищного строительства, формированию эффективного публично-правового механизма защиты прав граждан и добросовестных подрядчиков.