Проведен анализ полномочий и предметов ведения Российской Федерации и субъектов Российской Федерации в части финансирования федеральных государственных научных и образовательных организаций высшего образования. На основе законодательной, правоприменительной и судебной практики выявлены проблемы, с которыми сталкиваются региональные органы исполнительной власти при предоставлении грантов в форме субсидий как меры административного стимулирования научно-образовательной деятельности. Сформулированы подходы к реализации права субъекта Российской Федерации применять к федеральным государственным научным и образовательным организациям высшего образования меры административного стимулирования.