В статье рассмотрены актуальные вопросы, связанные с использованием административно-правового ресурса транспортной отрасли в современных экологических проектах. Разрабатываемые в режиме реального времени и реализуемые в настоящий момент федеральные проекты и национальные стратегии требуют функционального анализа, системного осмысления данных для возможной корректировки новых, еще только разработанных проектов. Решение данных вопросов будет полезно для правоприменительной деятельности. Автор выявляет проблемы, непосредственно связанные с режимом перехода России от завершения национального проекта «Экология» к национальному проекту «Экологическое благополучие» с точки зрения применения методов межведомственного взаимодействия для использования административно-правового ресурса транспортной отрасли в экологических проектах.