В статье рассматривается проблема организации государственного управления морским и внутренним водным транспортом, его система и структура, где следует выделять управленческо-руководящую роль Президента РФ в системе управления материальной подотраслью морского и внутреннего водного транспорта, исследуется сущность нахождения федеральных агентств и служб в ведении министерства, отмечаются перспективы развития такого руководства в рамках созданной организационной системы и структуры государственного управления морским и внутренним водным транспортом.