Вопросы системы и структуры органов исполнительной власти являются объектом активных научных дискуссий, преследующих цель предложить не только единые подходы к пониманию этих дефиниций, но и пути совершенствования самого их содержания для целей повышения эффективности деятельности рассматриваемой ветви государственной власти. При всем многообразии научных интерпретаций категории «система» и «структура» исполнительной власти следует признать вполне обоснованным подход, сформированный Конституционным Судом РФ, в постановлении по запросу Государственной Думы о толковании положений ст. 71 (п. «г»), 76 (ч. 1) и 112 (ч. 1) Конституции РФ. По мнению Конституционного Суда РФ, «под системой федеральных органов законодательной, исполнительной и судебной власти, установление которой отнесено к ведению Российской Федерации (ст. 71, п. “г”, Конституции РФ), следует понимать единство взаимосвязанных федеральных органов различных ветвей государственной власти, которое, исходя из разграничения полномочий при осуществлении законодательных, исполнительных и судебных функций, обеспечивает баланс этих властей, систему взаимных сдержек и противовесов» (абз. 4 п. 2). Одновременно данный документ определяет систему федеральных органов исполнительной власти, состоящую из Правительства РФ, Председателя Правительства РФ, заместителей Председателя Правительства РФ и федеральных министров, а также министерств и других федеральных органов исполнительной власти, которые определяются на основе Конституции РФ, Федерального конституционного закона «О Правительстве Российской Федерации» и иных федеральных законов. Система органов государственного управления морским транспортом, таким образом, должна пониматься и учитываться в приведенном выше подходе к системе и структуре органов исполнительной власти, где в основе ее построения лежит структурно-функциональный подход, т.е. основывается на принципах их построения по вертикали и по горизонтали. Из всех имеющихся в практике моделей построения системы органов государственного управления государственное управление морским и внутренним водным транспортом строится исключительно по горизонтали, что обусловлено спецификой данной материальной отрасли управления. В этой связи нельзя не отметить положения, высказанные С.А. Старостиным, который подчеркивал, что горизонтальная модель организации системы государственного управления обусловлена функциональной структурой построения органов исполнительной власти на всех уровнях организации этой власти.