В данной статье проводится анализ истории становления и функционирования в настоящее время института прекращения уголовного дела судом с учетом этапов развития российского законодательства. Автором исследуется законодательное закрепление возможности использования данного института при прекращении уголовного дела по нереабилитирующим основаниям, которое вызывает затруднения в правоприменительной деятельности судов, наделенных правом освобождения виновных лиц от уголовной ответственности при установлении необходимых критериев, соответствующих требованиям закона.