В статье рассматриваются основные проблемы отечественного налогового законодательства и правоприменительной практики, возникающие в процессе уплаты налогов религиозными организациями, анализируются особенности определения отдельных элементов юридического состава, уплачиваемых ими налогов (объекта налогообложения, налоговой базы, налоговых ставок и льгот). В целях осмысления политико-правового подхода государства к предоставлению религиозным организациям определенных налоговых преференций в работе приводится краткий исторический очерк, раскрывающий особую роль церкви и религии в создании мировоззрения, направленного на обожествление воли государства, в том числе в сфере его налоговой политики. В контексте сложившейся правоприменительной практики делается акцент на неоднозначности законодательных формулировок, содержащихся как в Налоговом кодексе РФ, так и в специальных правовых актах, регулирующих правовой статус российских религиозных организаций, что в конечном счете приводит к разности подходов административно-судебной практики относительно разрешения соответствующих налоговых споров. Итоговый вывод исследования подчеркивает необходимость корректировки отдельных законодательных актов в целях стабилизации нормативной базы и формирования единства судебной практики по данной категории дел.