В статье предпринята попытка сопоставить механизмы государственной финансовой поддержки научных и образовательных организаций посредством прямого бюджетного субсидирования и косвенно через предоставление налоговых льгот. Автор пытается оценить указанные меры с точки зрения их экономической эффективности, востребованности, прозрачности и возможности государственного финансового контроля и выбрать наиболее подходящие. В работе используется российская научная литература, правоприменительная практика и данные бюджетной и налоговой статистики.