В статье анализируются три нормативных уровня применения системы управления рисками в рамках реализации таможенного контроля (международный, национальный и ведомственный), применяемого в Российской Федерации и Республике Беларусь. По результатам проведенного анализа в целях унификации правовых основ таможенного контроля автором предлагается создание Союзной концепции по управлению рисками, а также фактической реализации мероприятий, заложенных в указанную концепцию, посредством Межгосударственного центра, созданного на уровне Таможенного комитета Союзного государства.