В статье обосновывается системно-функциональная модель учета квалифицирующих признаков состава преступления при квалификации содеянного. Исходя из понимания квалифицирующих признаков как средств дифференциации уголовной ответственности (а не как «отягчающих обстоятельств»), предлагается поэтапный алгоритм их выявления и применения в деятельности, связанной с квалификацией преступлений. Алгоритм опирается на многокритериальную систематизацию квалифицирующих признаков (по элементам состава преступления, основанию дифференциации, степени дифференцирующей силы, объему охвата деяний в пределах статьи Особенной части УК РФ, а также по технико-юридическим моделям закрепления). На примере положений отдельных статей Особенной части УК РФ и разъяснений Пленума Верховного Суда Российской Федерации выделены типовые правоприменительные проблемы и показано, каким образом алгоритм снижает вероятность ошибок объема отсылки, смешения ветвей дифференциации, неверного решения вопросов конкуренции, совокупности и двойного учета.