В статье предпринята попытка обобщить оценку использования бюджетных субсидий с точки зрения их эффективности и применить их к научным и образовательным организациям. В работе используются релевантная литература и правоприменительная практика контролирующих органов и судов. Автор констатирует отсутствие универсальных критериев оценки эффективности использования бюджетных субсидий и приходит к выводу о невозможности полного перенесения сложившихся в иных отраслях критериев эффективности в область образования и науки.