В статье анализируются процессуальные проблемы защиты государственных интересов в арбитражном судопроизводстве (определение надлежащей стороны и процессуального статуса органов власти, дисбаланс состязательных начал, правовые риски неограниченного применения мировых соглашений, а также противоречия в практике применения исковой давности). Обосновывается необходимость дифференциации процедур по делам, затрагивающим существенный публичный интерес. Предлагаются конкретные законодательные меры по совершенствованию АПК РФ.