Работа посвящена изучению понятия, правовых основ и сложившейся практики реализации принципа независимости в деятельности контрольно-счетных органов (КСО) субъектов Российской Федерации. Установлено, что на законодательном уровне предусмотрены организационная независимость, функциональная и финансовая. При этом в ходе исследования определено, что действующий порядок формирования кадрового состава контрольно-счетного органа законодательным органом власти при обязательной процедуре согласования Счетной палатой России вынуждает вести речь о достаточно условной организационной независимости КСО, в связи с чем автором предложено заменить термин «организационная независимость» термином «институциональная независимость».