В статье рассматриваются актуальные вопросы и проблемы, возникающие при взыскании государственными и муниципальными учреждениями неосновательного обогащения с подрядчиков за выполненные ими работы, не соответствующие в полной мере условиям контрактов. Специфичной чертой таких правоотношений является то, что нарушения исполнения договорных обязательств контрагентом выявляются в ходе осуществления проверочных мероприятий органами финансового контроля, что вызывает затруднения при рассмотрении указанной категории дел судами. Исследование построено на анализе судебной практики и теоретических подходов для раскрытия проблемы взыскания неосновательного обогащения с субъектов предпринимательства после проведенного в отношении заказчика финансового контроля уполномоченным органом. Изучение отдельных аспектов по взысканию неосновательного обогащения при принятии заказчиком обязательств по государственному (муниципальному) контракту, не отвечающих его отдельным требованиям, когда данный факт выявлен уполномоченным контрольным органом, показало отсутствие в законодательстве продуманной системы правовых средств, обеспечивающих возможность применения единообразного подхода к однородным правоотношениям.