В статье анализируется институт судебного контроля как способа обеспечения законности деятельности таможенных органов Российской Федерации (на примере арбитражных судов Российской Федерации). Путем анализа судебной практики автором выявлены основные направления, по которым арбитражными судами осуществляется судебный контроль за законностью принимаемых решений. В результате проведенного анализа выявлены факторы, порождающие споры с таможенными органами. Автор приходит к выводу, что систематический анализ причин признания арбитражными судами решений таможенных органов незаконными позволяет не только произвести их оценку, но и принять меры по противодействию, пресечению и предупреждению аналогичных нарушений со стороны таможенных органов. По итогам исследования даются рекомендации по направлениям организации работы таможенных органов, которые могут способствовать повышению уровня законности принимаемых решений и сокращению отрицательной судебной практики.