В первоначальной редакции Бюджетного кодекса санкционирование операций казначейскими и финансовыми органами рассматривалось и как этап исполнения бюджета, и как форма предварительного и текущего контроля (с 2013 г. — метод государственного финансового контроля). Двойное правовое регулирование не способствовало установлению четких границ бюджетно-правовых институтов, и в 2019 г. санкционирование операций исключено из методов государственного финансового контроля, оставшись этапом исполнения бюджета, при этом оно выполняет свойственные контрольным процедурам функции корректирования, социальной превенции и правоохраны. Санкционирование операций как казначейская контрольная процедура прошло определенные этапы эволюции от исключительно процессуальной процедуры, направленной на реализацию охранительного правоотношения, к процессуальной процедуре, включенной в иные материальные процедуры и ставшей регулятивно-охранительной по своему предназначению.