В настоящей статье авторами исследуются отдельные проблемные вопросы, связанные с осуществлением таможенного контроля как метода экспортного контроля в отношении товаров двойного назначения при их перемещении через государственную границу Российской Федерации в рамках внешнеэкономических сделок с резидентами других государств — членов ЕАЭС. Авторами обоснована критическая значимость и безальтернативность таможенного контроля в системе экспортного контроля, показаны условия и факторы, снижающие эффективность данного метода в условиях функционирования ЕАЭС и несовершенств национального законодательства в области экспортного контроля. По результатам исследования авторами выработаны предложения по совершенствованию правовых основ таможенного контроля как метода экспортного контроля в Российской Федерации.