Основной вооруженной силой Малороссии в XV–XVIII вв. являлось запорожское казачество. Обстоятельства его зарождения на сегодняшний день точно не установлены. Первые упоминания о запорожцах относятся к 1489 г., а в 1492 г. польский хронист М. Бельский сообщал об укрепленной «казачьей сечи» за днепровскими порогами. Украинское слово «сечь» родственно русскому «засека» и означает оборонительное сооружение, построенное с использованием поваленных в сторону врага деревьев. Еще в XIII в. на южных границах Руси для защиты от неприятеля стали применяться засечные черты (линии) — довольно сложные оборонительные системы на путях его движения. Позднее слово «Сечь» стало означать столицу Запорожской казачьей области и даже всю область за Днепровскими порогами. Правительство этой своеобразной республики (казацкая старшина) состояло из четырех человек, избиравшихся на год: кошевого атамана, войскового судьи, войскового есаула и войскового писаря.

В отличие от донских казаков, которые постоянно проживали на одном месте, имели семьи, занимались сельским хозяйством и постоянно служили русскому царю, являясь своеобразной пограничной стражей государства, запорожцы всегда стремились к независимости и воевали со всеми, кто пытался их подчинить себе, либо за тех, кто нанимал их на службу. Жили они в основном за счет добычи с поля боя.

Социальный, национальный и конфессиональный состав первых казачьих формирований запорожцев был необычайно пестрым. Это были дезертиры, беглые холопы из русских княжеств и малороссийских земель. Встречались там и разыскивавшиеся преступники. Вольная жизнь привлекала сюда жителей Литвы и Польши, причем не только холопов, но и обедневших шляхтичей. Среди казаков было много немцев, французов, итальянцев, испанцев и прочих, вынужденных оставить свою родину вследствие разных причин. Во второй половине XVI в. здесь можно было встретить сербов, черногорцев, хорватов, болгар и выходцев из Валахии. Постепенно Гетманщина (малороссийские земли, находившиеся под управлением гетманов) заняла практически всю Центральную Малороссию.

Как русские, так и польские правители нередко нанимали запорожских казаков в качестве союзников для нанесения ударов по своим врагам, однако подчас и сами «работодатели» становились объектами запорожских набегов, хотя и Москва, и Варшава пытались привлечь казаков к государственной службе на постоянной основе. Так появились реестровые казаки, выполнявшие отдельные функции государственной службы и вносившиеся в особые списки — реестры. В качестве таковых в основном фигурировали северные запорожцы, которые в целом были лояльны польским и российским властям. В отличие от них представители южной Запорожской Сечи, остававшейся разбойничьей вольницей, официальным властям практически не подчинялись.

В начале XVII в. отношения между малороссами и великороссами были достаточно напряженными. Запорожцы являлись активными участниками российской Смуты, выступая на стороне польских магнатов, панов и короля.