Законодатель возлагает на органы прокуратуры функцию надзора за надлежащим исполнением требований уголовного, уголовно-процессуального законодательства в целях реализации конституционных прав граждан, верховенства и единообразного применения закона. До 2007 г. органы прокуратуры обладатели действительно большим спектром полномочий по надзору за органами предварительного следствия, но в связи с выделением Следственного комитета Российской Федерации объем полномочий органов прокуратуры сократился, однако такое изменение придало следственным органам большую объективность и процессуальную самостоятельность при осуществлении своей деятельности, что, несомненно, должно способствовать более качественному обеспечению прав и свобод граждан. Тем не менее в этом отношении сложно не согласиться с мнением ученых о том, что «реформа уголовно-процессуального законодательства серьезно ограничила возможности прокурора по своевременному устранению допущенных следователем при осуществлении предварительного следствия нарушений прав и свобод граждан». Не вызывает сомнений, что прокурор должен оперативно выявлять и устранять нарушения закона, допущенные следователем. Между тем в настоящее время это затруднительно в силу недостаточности полномочий прокурора, в то время как нарушенные права участников процесса должны быть восстановлены в максимально короткий срок.

На практике направление расследования уголовного дела определяет сам следователь. Действия, направленные на раскрытие преступления, установление виновных лиц, причин, способствующих совершению преступления, следователь обычно согласовывает с руководителем следственного подразделения. Только на завершающем этапе после осуществления всех следственных мероприятий и установления обстоятельств, необходимых для разрешения дела в суде, прокурор получает основные полномочия по выявлению и устранению допущенных следователем нарушений закона, поскольку именно в этот момент в его руки поступает обвинительное заключение вместе со всеми материалами дела.

В связи с этим этап изучения уголовного дела в порядке ст. 221 УПК РФ в конечном счете является единственным, на котором сегодня прокурор может выявить нарушения закона и отреагировать на них. Проблемой в таком случае является время, которое было упущено, в силу чего утрачивается возможность устранения выявленных нарушений на данном этапе уголовного судопроизводства. В этом отношении практика свидетельствует, что количество выявленных нарушений органами прокуратуры в несколько раз превосходит количество нарушений закона, выявленных руководителями органов следствия, вместе с тем последние находятся намного ближе к следователю.