Московский университет МВД России имени В.Я. Кикотя (далее — Университет) был создан в июне 2002 г. на базе трех столичных ведомственных вузов. В него вошли: Московская академия МВД России — учебное заведение с 40-летней историей; Юридический институт МВД России — старейший заочный вуз, готовивший специалистов для органов внутренних дел без отрыва от службы; Московский институт МВД России — вуз, созданный в 90-е гг. ХХ в. и специализировавшийся на подготовке сотрудников для подразделений по борьбе с организованной преступностью. Тогда же в структуру университета были включены филиалы: Брянский, Московский областной, Рязанский, Смоленский, Тамбовский, Тверской и Тульский. В настоящее время продолжают функционировать: Московский областной, Рязанский и Тверской филиалы.

В 2008 году к Университету была присоединена Московская средняя специальная школа милиции МВД России — старейшее и крупнейшее ведомственное учебное заведение среднего профессионального образования, а в 2011 г. — еще и Академия экономической безопасности МВД России — вуз, который готовил специалистов в области борьбы с экономическими преступлениями и противодействия коррупции.

Огромная заслуга в создании Университета принадлежит Владимиру Яковлевичу Кикотю — генерал-лейтенанту полиции, доктору юридических наук, доктору педагогических наук, профессору, члену-корреспонденту Российской академии образования, заслуженному работнику высшей школы Российской Федерации. Основатель и первый начальник Университета был человеком неуемной энергии, высочайшей организованности и ответственности. Совместно со своей командой (С.С. Жевлакович, С.С. Маилян, Ю.Ф. Подлипняк и др.) он сумел решить важнейшую задачу — объединить талантливых ученых, преподавателей, специалистов в единый сплоченный коллектив единомышленников и заложить крепкий фундамент, позволивший Университету стать ведущим ведомственным вузом, готовящим кадры специалистов для всех функциональных подразделений органов внутренних дел. Основной контингент обучающихся — это прежде всего будущие специалисты юридического профиля.

С 2005 года по ноябрь 2014 года Университетом руководил доктор юридических наук, генерал-лейтенант полиции Николай Викторович Румянцев.

Указом Президента России в 2014 г. Университету присвоено почетное наименование «имени В.Я. Кикотя».