Из экономической истории России 90-х гг. ХХ в. видно, что процесс обеспечения экономического суверенитета государства в эти годы, являясь важнейшей его функцией, заметно отличался от недавнего советского периода. Одним из ключевых его элементов стали таможенные органы — ядро национальной таможенной системы и субъекты таможенной политики государства, которая, в свою очередь, приобрела более тесную зависимость от его экономических интересов.

Вместе с этим, именно в 90-е гг. на содержание и динамику этих институциональных элементов и зависимостей, при всей их актуализации и очевидности, воздействовал ряд факторов, влиявших как на становление современной таможенной системы Российской Федерации, так и на эффективность ее деятельности. Часть из них сохранила свое «присутствие» в наши дни, продолжая косвенно, но все же влиять и на экономическую безопасность страны.

Во-первых, руководство тогдашней России одним из решающих условий выхода из обвального кризиса отечественного производства считало ускоренное сближение и перемещение экономического хозяйства страны в лоно мирового экономического рынка.

Как замечали отечественные и зарубежные специалисты, к началу 90-х гг. советская экономика практически рухнула, и новой России, по словам Б. Ельцина, «…досталась от предшественников обанкротившаяся экономика, не имевшая выхода из системного кризиса». В закрытой части Постановления Верховного Совета СССР от 23 ноября 1990 г. «О положении в стране» упоминалось, в частности, об открытой и скрытой инфляции, которая в 1990 г. составляла почти 120%. Социологический опрос жителей Ленинграда осенью 1990 г. по вопросам выхода общества из кризисного состояния показал, что 59,4% респондентов связывали его с введением в стране института частной собственности, а 62,8% — с созданием свободных экономических зон. В январе 1991 г. противников введения в стране рыночной экономики, по опросам социологов, насчитывалось лишь 10%. О полном разочаровании в социализме и желании жить при капитализме писали в газетах целые группы и отдельные граждане. Постановление Совет министров СССР от 28 февраля 1989 г. закрепило отказ государства от монополии на экспортные сделки, предоставив разрешать их таможенным органам страны. Возросший при этом объем экспортно-импортных операций, в свою очередь, не обошелся без увеличения контрабандных и иных афер.