Исследование ДНК для идентификации человека начали применять в 80-е гг. прошлого века. Тогда же стало очевидно, что полученную информацию об индивидуализирующих признаках человека необходимо сохранять и систематизировать. С этой целью стали создавать системы централизованных учетов — базы данных ДНК-информации. Первая база данных геномной идентификации NDNAD (от англ. — National DNA Database, национальная база данных ДНК) была создана в Великобритании, которая является родоначальницей данного вида исследований. В настоящий момент базы данных генетической информации существуют в 69 странах.

В Советском Союзе первая генетическая экспертиза была проведена в 1988 г. Это исследование послужило толчком к созданию отечественной системы ДНК-экспертизы. Уже в 1989 г. в Бюро главной судебно-медицинской экспертизы Минздрава РСФСР была создана лаборатория геномной идентификации. Сегодня это отдел молекулярно-генетических экспертиз (исследований) ФГБУ «Российский центр судебно-медицинской экспертизы» Министерства здравоохранения РФ. Одновременно в 1988 г. Государственным комитетом СССР по науке и технике было принято решение об организации лаборатории генотипоскопии на базе Всесоюзного научно-криминалистического центра МВД СССР (в настоящее время — ФГКУ «Экспертно-криминалистический центр» Министерства внутренних дел Российской Федерации). Первая генотипоскопическая экспертиза в этом учреждении была проведена в 1990 г.

Однако длительное время обе лаборатории выполняли исследования по постановлениям правоохранительных органов без внесения их результатов в какую-либо базу данных. База данных ДНК была создана только спустя 18 лет после проведения первой экспертизы по исследованию ДНК и первоначально представляла собой экспертно-криминалистический учет данных ДНК биологических объектов в МВД России, который просуществовал три года. В 2009 г. в соответствии с положениями Федерального закона от 3 декабря 2008 г. № 242-ФЗ «О государственной геномной регистрации в Российской Федерации» он был реорганизован в Федеральную базу данных геномной информации (далее — ФБДГИ).

По данным, озвученным в докладе Ю.В. Хрячковой, С.В. Кряжова, В.С. Родионовой, О.Е. Муравьёвой на IX Всероссийском съезде судебных медиков с международным участием «Судебно-медицинская наука и экспертная практика: задачи, пути совершенствования на современном этапе», состоявшемся в ноябре 2023 г., количество генетических профилей лиц, размещенных на учет в ФБДГИ, к середине 2023 г. составило 2 млн генотипов.

За прошедшие 14 лет положения указанного федерального закона претерпели ряд изменений. В настоящее время за геномной информацией закреплен статус «биометрических персональных данных»; экспертные подразделения Следственного комитета РФ включены в список структур, допущенных до участия в обсуждаемой программе; значительно расширен перечень лиц, подлежащих обязательной геномной идентификации, о необходимости чего неоднократно говорили как ученые, так и практики.