Система органов исполнительной власти — сложная система, характеризуемая огромным числом субординационных и координационных взаимосвязей между органами. Федеральные органы исполнительной власти (далее — ФОИВ) составляют ядро этой системы власти ввиду их основополагающей роли в реализации ключевых исполнительных полномочий.

Внутрисистемное взаимодействие между органами исполнительной власти обусловливает целостность каждой из подсистем, а оптимальная настройка необходима для обеспечения единства и эффективного функционирования всей системы. Руководствуясь принципом федерализма, большинство ученых обращают пристальное внимание на состояние взаимодействия между органами власти на федеральном и региональном уровнях, зачастую игнорируя внутрисистемные взаимосвязи. Так, по уверению Ю.Н. Замолоцких, в административном праве отсутствует «теория межведомственного взаимодействия» органов исполнительной власти, о чем с уверенностью можно утверждать и в отношении конституционного права. Указанные обстоятельства определяют недостаточную научную разработанность теоретической основы построения систем органов исполнительной власти, выражаемую в недочетах и ошибках управленческой практики взаимодействия органов и должностных лиц. К примеру, нередко разработка и принятие важных комплексных управленческих решений Правительством Российской Федерации затягивается, в том числе по причине несогласованного, медленного или формального взаимодействия между федеральными органами исполнительной власти.

Правовую основу организации внутрисистемного, или межведомственного, взаимодействия между ФОИВ составляют акты конституционного значения. Помимо Конституции РФ, к ним относится Закон о Правительстве РФ и указ Президента РФ 2004 г., которыми урегулированы только отдельные аспекты внутрисистемных взаимодействий. Законом о Правительстве РФ установлено, что положения о ФОИВ утверждаются правительством или главой государства согласно критерию их разграничения по объекту управления (ч. 3 и 7 ст. 12). В п. 6 названного Указа Президента РФ закреплено, что порядок взаимоотношений министерств, а также находящихся в их ведении служб и агентств, регламентируется положениями об указанных органах исполнительной власти. Исключение составляют органы, руководство которыми осуществляет глава государства, поэтому порядок взаимодействия между ними и их с другими ФОИВ определяется Президентом РФ (п. 7). Вышеприведенные нормы позволяют заключить, что учреждение системных связей между ФОИВ относится к компетенции Президента РФ и Правительства РФ. Это обусловливает дихотомическую природу организации межведомственного взаимодействия ФОИВ.

Согласно п. «г» ст. 71 Конституции РФ порядок организации и деятельности ФОИВ — сфера ведения Российской Федерации, по предметам регулирования которой принимаются федеральные законы. Взаимодействие между ФОИВ регламентируется подзаконными актами, среди которых основными являются типовые регламенты, утвержденные постановлениями Правительства РФ (далее — Типовой регламент взаимодействия и Типовой регламент внутренней организации).

В первом случае название документа не отражает его содержание, а большая часть его нормативных положений посвящена иным вопросам организации ФОИВ: порядку осуществления функций органами, планированию их деятельности, правилам документооборота т.д. Типовым регламентом взаимодействия установлено, что каждый ФОИВ самостоятелен в осуществлении своих полномочий и взаимодействует с другими органами непосредственно, вне зависимости от их положения в системе. Однако законодатель оставляет за собой право корректировать такое взаимодействие федеральным законом, правовыми актами главы государства или правительства. Кроме того, каждый орган наделен полномочием по составлению собственного регламента. Типовым регламентом внутренней организации регулируется порядок создания координационных и совещательных органов или рабочих групп, а также порядок взаимодействия федерального министерства и находящихся в его ведении служб и агентств. Перечисленные аспекты функционирования ФОИВ выходят за рамки их внутренней организации и, по-видимому, их целесообразно отразить в Типовом регламенте взаимодействия.