Вследствие преобразований 1992–1993 гг. в России впервые официально оформилась федеративная модель организации государственного устройства, возникшая вынужденно из-за распада СССР, т.е. вследствие демонтирования советской системы. Федеральная власть и власть субъектов пришли к компромиссу в интересующем их вопросе, что нашло отражение в формировании Совета Федерации, верхней палаты парламента. В его состав на равных правах вошли по два представителя субъекта, один от представительного органа государственной власти, другой от исполнительного органа. Ими являлись главы регионов, это было характерно только для Российской Федерации как федеративного государства. Здесь необходимо отметить, что власть в регионах закрепилась в руках их руководителей. Снизилась эффективность государственного управления, распространилась коррупция, появились конфликты между институтами власти. В регионах сложились авторитарные законы, это привело к низкой заинтересованности народа в реализации своих законных прав. Казалось, что Российская Федерация в скором времени перестанет существовать в качестве единого государства. Конституция не содержала в себе положений о формировании органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, а в ней определялось лишь то, что в регионах система органов государственной власти учреждается самостоятельно, но в соответствии с федеральным законодательством. Федеральная власть не только не могла воздействовать на власть субъектов, но и не могла принимать законы, которые такое воздействие оказывали бы. Но однако же, как подчеркивает М.М. Афанасьев, в постреформенный период началась сильная критика Совета Федерации, который назывался декоративным политическим институтом.

В 1995–1997 гг. проведены выборы глав исполнительных органов, эти выборы привели к формированию авторитарных региональных режимов. Н.И. Грачев отмечал, что в сложившихся условиях принцип разделения властей, как по вертикали, так и по горизонтали, оказался невозможен. К концу 1990-х годов Россия имела «рыхлое государственное устройство».

Выстраивание новой вертикали власти стало первоочередным делом нового Президента РФ, В.В. Путина. 13 мая 2000 г. Президент издал указ, в котором создавались семь федеральных округов, включавших от 12 до 15 субъектов. В этих округах были назначены его полномочные представители. Задачи полномочных представителей — это контроль соблюдения и исполнения федеральных законов, осуществляемый окружными инспекциями главного контрольного управления Президента РФ; предоставление докладов Президенту о состоянии национальной безопасности; координация деятельности федеральных органов исполнительной власти и т.д. Полномочные представители получили право контролировать деятельность образованных в округах подразделений Генеральной прокуратуры, ФСБ, МВД, министерств юстиций, Федеральной налоговой службы и Федеральной пограничной службы. Полномочные представители также выполняют ряд политических задач, таких как поиск и устранение противоречий региональных законов федеральным законам; восстановление власти «силовых» ведомств и т.д. Следующим указом было закреплено создание советов (совещательные органы) при полномочных представителях в округах. В скором времени Президент своим указом закрепил за полномочными представителями возможность представления кандидатур на должность глав субъектов Российской Федерации через руководителей администраций. Как отмечает Н.И. Грачев, эти меры помогли снизить прямое действие региональных руководителей на федеральную власть. Вся политическая власть сконцентрировалась в центре. Деятельность полномочных представителей ограничивала полномочия региональных органов.

Для смягчения потери власти руководителями регионов создали Государственный Совет (носит консультативный характер). В него входили главы исполнительной власти регионов. Здесь необходимо отметить, что государственные советы как совещательные органы имели мировой опыт (Европа, США).