Альтернативы уголовному преследованию в науке и практике рассматриваются в качестве особых механизмов реагирования государства на факт совершения лицом преступления, позволяющих субъектам, наделенным в силу закона полномочиями по осуществлению уголовного преследования, не применять к данному лицу санкции в виде назначения реального наказания, а заменить их на меры нерепрессивного и восстановительного характера. Но наличие ряда проблем в данной сфере существенно затрудняет процесс правоприменения, тем самым снижая эффективность применения данного института уголовного судопроизводства.

Так, в соответствии с ч. 1 ст. 74 УПК РФ устанавливается понятие и содержание доказательств в уголовном судопроизводстве. При этом, несмотря на перечисление в ч. 2 указанной статьи их видов и источников, в уголовном законе отсутствует указание на необходимый их минимальный объем, достаточный для принятия субъектами уголовного судопроизводства обоснованных процессуальных решений. Не способствует разрешению данного противоречия и содержание ст. 88 УПК РФ, устанавливающей требование к доказательствам в виде их совокупной достаточности для разрешения уголовного дела, поскольку в данной норме также не определен минимальный объем доказательств, необходимый для формулирования процессуальных выводов.

При этом трудности в данной сфере на практике возникают с любыми видами и источниками доказательств вне зависимости от их вида и способа отображения в объективной реальности и в материалах дела. В связи с чем необходимо согласиться с мнением Р.Г. Непранова о том, что субъекты собирания и оценки доказательств должны в своей деятельности руководствоваться не только требованиями, формально предъявляемыми действующим уголовно-процессуальным законом к процессуальным процедурам их получения и фиксации, но и учитывать объективные особенности, сопутствующие как процедуре их получения, так и источнику (например, возраст либо психоэмоциональное состояние лица при допросе). На практике нередки случаи, когда в применении альтернатив уголовному преследованию заинтересованы как лица, фактически совершившее преступление, так и иные участники уголовного судопроизводства, что дополнительно создает почву для возможного оказания давления на лицо, выступающее единственным источником доказательственной информации. Кроме того, также достаточно часто встречаются ситуации добросовестного заблуждения лица относительно описываемых им обстоятельств.

В связи с чем представляется целесообразным дополнить содержание ч. 2 ст. 25 УПК РФ п. 2.3 следующего содержания: «Прекращение уголовного преследования по основаниям, указанным в статьях 25, 25.1, 28 и 28.1 настоящего Кодекса, не допускается, если соответствующие процессуальные решения основаны на результатах оценки единственного источника доказательств. В таком случае производство по уголовному делу продолжается в обычном порядке».