Термин «государственная информационная система» (далее — ГИС) получил свое закрепление в законодательстве в 2006 г. Определение ГИС раскрывается в ст. 13 и 14 действующего по сегодняшний день с учетом изменений и дополнений Федерального закона от 27 июля 2006 г. № 149-ФЗ «Об информации, информационных технологиях и о защите информации» (далее — Федеральный закон № 149-ФЗ). В указанном федеральном законе было определено, что информационные системы — совокупность содержащейся в базах данных информации и обеспечивающих ее обработку информационных технологий и технических средств, которые включают в себя федеральные информационные системы и региональные информационные системы, созданные на основании, соответственно, федеральных законов, законов субъектов Российской Федерации, на основании правовых актов государственных органов. ГИС создаются в целях реализации полномочий государственных органов и обеспечения обмена информацией между этими органами, а также в иных установленных федеральными законами целях.

Таким образом, в основополагающем законе в сфере информации ГИС определена не напрямую через основные характеристики и функции, а опосредованно, через способы и цели создания. Причем установленные цели создания ГИС также представляются весьма пространными. На отсутствие полноценно сформулированных определений понятий «информационная система» и «государственная информационная система» в законодательстве неоднократно указывалось исследователями и учеными в области информационного права , а также экспертным сообществом. В частности, Иванов И.С. приходит к выводу, что Федеральный закон № 149-ФЗ страдает «правовой неопределенностью и логическими недостатками», в результате чего отсутствует единообразное понимание понятий «информационная система», «база данных», «государственная информационная система» как на уровне конкретных юристов и должностных лиц, так и на уровне правового регулирования ГИС в различных регионах страны.