Обеспечение реализации принципа эффективности при формировании и использовании бюджетных средств невозможно исключительно путем осуществления внешнего контроля со стороны специально уполномоченных органов публичного финансового контроля либо внутреннего государственного финансового контроля со стороны Федерального казначейства. Оно требует повышения качества финансового менеджмента, выявления и управления рисками внутри самого подконтрольного объекта, что, безусловно, требует создания эффективной системы внутреннего финансового контроля в каждом органе, являющемся администратором доходов, т.е. своевременного предупреждения совершения бюджетных правонарушений, работы над совершенствованием механизма проведения бюджетных процедур и с устранением возникающих рисков. М.В. Мельник указывает, что внутренний контроль направлен на «оценку правильности и эффективности принятых управленческих решений, выявления отклонений и своевременного их устранения».