С каждой новой версией моделей искусственного интеллекта (далее — ИИ) расширяются возможности их использования. ИИ нашел применение в большинстве видов человеческой деятельности в качестве вспомогающего элемента и изредка в качестве самого актора.

Значительные вычислительные мощности и отличающаяся от человеческой логика (в том объеме, в котором данное понятие применимо к ИИ) обусловили ценность ИИ для проведения исследований в естественно-научных областях, особенно таких как биология и генетика. Открываются исследовательские центры с уклоном в ИИ — например, Платформа искусственного интеллекта Сеченовского университета, научно-учебная группа ВШЭ «ИИ и анализ данных в медицине», лаборатория ИИ и больших генетических данных ИЦиГ СО РАН, Центр искусственного интеллекта НГУ и др.

Первым успешным опытом прямого использования ИИ в редактировании генома была работа J.A. Ruffolo et al. в 2025 г. (препринт опубликован в апреле 2024 г.). Группа исследователей из Profluent Bio Inc. создала модель, которая смогла сгенерировать протеин, который можно использовать при редактировании генома с помощью метода CRISPR-Cas. Для создания ИИ исследователи использовали LLM.

Что это за протеин и зачем это исследователям? Метод редактирования генома, называемый CRISPR-Cas, использует протеин SpCas9, для того чтобы находить в генетической цепочке нужную последовательность, чтобы далее заменить ее на другую. Поэтому задача исследователей состоит в том, чтобы протеин работал безошибочно — срабатывал при нахождении нужной последовательности и только, мог определять более долгие последовательности, не раздражал иммунную систему. И именно в этих показателях разработанный с помощью ИИ протеин OpenCRISPR-1 стал лучше «созданного природой» SpCas9 — новый белок «режет» генетическую цепочку в правильном месте в 56,4% случаев вместо 47,1% у SpCas9 (медианные показатели), в неправильном месте — в 0,32% случаев вместо 6,1% у SpCas9 (медианные показатели), менее заметен для иммунной системы человека.