Впервые понятие специального налогового режима было закреплено в п. 3 ст. 18 Закона РФ от 27 декабря 1991 г. № 2118-1 «Об основах налоговой системы в Российской Федерации», согласно которому актами законодательства Российской Федерации о налогах и сборах может предусматриваться установление специальных налоговых режимов (систем налогообложения), в соответствии с которыми вводится особый порядок исчисления и уплаты налогов, в том числе замена предусмотренной ст. 19–21 настоящего Закона совокупности налогов и сборов одним налогом. Кроме того, становление и введение в действие специальных налоговых режимов не относятся к установлению и введению в действие новых налогов и сборов. Отметим, что данное определение подвергалось критике в научной литературе. Так, например, А.С. Матинов пишет, что «первоначальное определение специальных налоговых режимов не отражало сущности налоговых правоотношений и их специфику в указанной сфере».

С момента введения в действие первой части Налогового кодекса Российской Федерации (далее – НК РФ) именно там получило закрепление определение специального режима. Впоследствии формулировки несколько раз менялись.

В настоящее время согласно ст. 18 НК РФ специальные налоговые режимы устанавливаются Налоговым кодексом РФ или федеральными законами о проведении налоговых экспериментов и применяются в установленных законом случаях и порядке. В соответствии с абз. 2 п. 1 указанной статьи специальные налоговые режимы могут предусматривать особый порядок определения элементов налогообложения, а также освобождение от обязанности по уплате отдельных налогов и сборов, предусмотренных ст. 13–15 НК РФ. Необходимо отметить, что из данной дефиниции был исключен ряд важных характеристик.

Среди ученых-юристов, которые занимаются вопросами финансового и налогового права нет единого мнения по данному вопросу, поэтому ими приводятся различные определения специальных режимов.

В своей диссертации Д.В. Винницкий указывает, что «специальный налоговый режим можно определить как особый режим ограничения конституционного права собственности при налогообложении, заключающийся в частности: в специфике исчисления и уплаты определенных налогов и сборов, в освобождении на определенных условиях от уплаты некоторых налогов и сборов или снижения их размера, в сокращении или изменении содержания налоговых обязанностей и иных конституционно допустимых отступлениях от общего режима налогообложения».