Серьезной проблемой для экологии является наличие «кладбищ судов» — затонувших кораблей. Эти суда наносят вред окружающей среде и создают угрозу для судоходства. В настоящее время затонувшие суда на территории Российской Федерации представляют собой серьезную проблему как для морской экологии, так и для законодательной сферы. Их влияние на морскую среду многообразно: от физического разрушения подводного ландшафта до химического загрязнения. Такие суда представляют большой риск и создают серьезную угрозу. Одной из самых важных проблем, касающихся затонувших судов, является то, что многие из этих объектов остаются неучтенными и вследствие этого не подлежат оценке экологических рисков. Законодательная база требует обновления для эффективного управления затонувшими судами. Важно разрабатывать определенные правила по выявлению, регистрации и утилизации затонувших объектов, а также установить механизмы ответственности за нарушение экологических норм. Стоит отметить, что у побережья акватории Черного моря также находится большое количество затонувших судов, представляющих опасность для всей зоны побережья. Кроме того, постепенное разложение ржавеющего металла и остатков топлива вредно воздействуют на морскую экосистему. В результате утечек нефти и ее компонентов в водные массы происходит массово гибель морских организмов. Затонувшие корабли мешают движению других судов и создают риски для безопасности.

Хочется отметить территорию Мурманского района, где расположен один из самых опасных объектов для окружающей среды, который наносит колоссальный вред экологии этого района. Этим объектом является промысловое судно «Териберка», на борту которого находится топливо, представляющее угрозу для экосистемы Мурманского района.

Также стоит отметить случаи, произошедшие в акватории Черного моря. В декабре 2024 г. у берегов Керченского пролива потерпели крушение танкеры, перевозимые мазут, — «Волгонефть-212» и «Волгонефть-239». В настоящее время, по данным на 3 октября 2025 г., специалисты повторно очистили побережье Черного моря от мазута. Всего собрали более 182,5 тыс. т загрязненного песка и грунта, вывезено на переработку более 180 тыс. т. Водолазы регулярно осматривают затонувшие фрагменты танкеров, утечек нефтепродуктов не обнаружено. По данным Росприроднадзора ущерб составляет 84,943 млрд руб. Из них «Волгатранснефть» — владелец танкера «Волгонефть-239» должен оплатить 35,483 млрд руб., «Кама-Шиппинг» — владелец «Волгонефть-212» — 49,46 млрд руб.