Большое значение для раскрытия сущности системы административно-правового обеспечения инновационной деятельности имеет ее структурирование, которое позволяет определить состояние взаимообусловленности и взаимозависимости ее элементов. Анализируемая система законодательно не структурируется, однако содержание правовых норм в совокупности с общефилософскими представлениями о структуре дают возможность сформулировать ряд идей, которые показывают структуру исследуемого явления.

Кроме того, значимость исследования категории «структура» обусловлена возможностью обоснования новых подходов к решению научных проблем, выявления ранее неизвестных соотношений тех или иных явлений, формирования предпосылок для проведения дальнейших изысканий в соответствующей сфере, что в полной мере характерно и для структуры системы административно-правового обеспечения инновационной деятельности. Более того, философским направлением структурализма данная категория выдвинута в качестве базисного понятия, а структуры объявлены единственной реальностью, хотя такой подход, как представляется, выглядит как некое преувеличение.

В словарных, монографических источниках, учебной литературе можно найти много вариантов базового понятия «структура», которые имеют отличия друг от друга. В частности, одно из наиболее кратких толкований показывает ее в виде совокупности устойчивых связей объекта, обеспечивающих его целостность. Кроме того, под ней может пониматься строение, взаимное расположение и связь составных частей чего-либо. Можно заметить следующее: либо акцентируется внимание на связях, либо последние дополняются иными свойствами в виде взаимного расположения и строения составных частей. При этом связи не тождественны данным свойствам. По версии Г.В. Лейбница, связь представляет собой отношение в самом общем смысле, а любое отношение — это отношение связи или отношение сравнения. В то же время исконное значение латинского слова structura выражается в строении, порядке и расположении.

В отечественной философии одно из наиболее масштабных исследований такой категории, как структура, было осуществлено В.И. Свидерским, который подразумевал под ней принцип, способ, закон связи элементов целого, систему отношений элементов в рамках этого целого. Большое внимание он уделял разграничению понятий структуры и элементов, поскольку структура не может отождествляться с набором элементов (хотя в науке представлен также и обратный подход). В качестве таковых названный автор рассматривал любые процессы и явления, образующие в своей совокупности данный процесс или данное явление, а также любые свойства явлений, образующие в своей совокупности новое свойство, и, кроме того, отношения, образующие в своей совокупности новое отношение. Важным для понимания структуры и элементов является также утверждение о том, что понятие элементов, связь которых образует структуру, может относиться к различным по уровню развития и сложности отношениям, свойствам и состояниям объективной действительности.