Конец XVIII в. занимает особое место в хронологии развития системы управления водным транспортом и внутренними водными коммуникациями России. Утвержденный указом Павла I от 28 февраля 1798 г. проект образования Департамента водяных коммуникаций фактически завершил процесс формирования специальной административной структуры, призванной обеспечить создание и эффективное функционирование единой системы внутренних водных коммуникаций империи. Указ не был включен в систематизированное законодательство XIX в. и дошел до наших дней в виде отдельного документа. Департамент учреждался как подведомственный Сенату и равный по статусу коллегиям. Текст содержал штатное расписание с указанием жалования служащим канцелярии архива, депо планов, чертежной, специалистам гидротехники.

На самом деле история департамента началась немного раньше с учреждения в 1773 г. особой должности главного директора управления водяных коммуникаций для налаживания бесперебойного функционирования водных путей Санкт-Петербургской, Новгородской и Тверской губерний. Автором идеи, а затем и главным директором управления стал бывший новгородский губернатор Яков Сиверс. Примечательно, что системный подход к управлению водными коммуникациями был продиктован опытом, накопленным Я. Сиверсом при управлении обширной Новгородской губернией, речные транспортные пути которой обеспечивали доставку продовольствия и строительных материалов в г. Санкт-Петербург.

Природная педантичность Я. Сиверса способствовала последовательному налаживанию администрирования на основе упорядоченной правовой регламентации. Можно сказать, что именно при его непосредственном участии происходило становление отраслевого правового регулирования, несмотря на то что объем полномочий главного директора был ограничен. Так, к служебному составу Департамента водяных коммуникаций он мог обращаться лишь с официальными предложениями. При этом инициатива в урегулировании тех или иных вопросов управления водным транспортом и коммуникациями по большей части исходила от директора. Поэтому соответствующие документы, запросы, официальные ответы, рапорты адресовались на его или от его имени. Более того, главный директор активно занимался интерпретационной практикой, давая разъяснения законодательства по отдельным вопросам.

Безусловно, организующее воздействие на общественные отношения было немыслимо без высшей санкции в виде волеизъявления главы государства. Архивные документы подтверждают факт активного участия российских императоров в администрировании широкого спектра отношений, включая вопросы сугубо отраслевого характера. Речь идет не о формальном подписании заранее подготовленных документов, а о тщательном изучении или хотя бы знакомстве с сутью проблемы, требующей решения с участием главы государства. Суть законотворчества в XVIII — начале XIX в. выражалась в том, что его субъектом мог быть только правитель. Например, характеризуя правотворческую деятельность Павла I, Е.П. Момотова выделяет в качестве отличительной черты личный контроль императора в отношении всех выпускаемых законодательных актов.

Убедиться в этом как раз позволяют материалы архивных фондов Департамента водяных коммуникаций, в которых в достатке присутствуют документы, содержащие ссылки на указы и рескрипты императоров и сами указы за подписью Павла I. Значительная часть материалов конца XVIII в. представляет собой официальные ответы на запросы, обращения и рапорты Департамента водяных коммуникаций на имя императора. Обширный документооборот позволял главе государства держать под контролем правореализационную практику. В соответствии с субординацией и в связи с тем, что значительная часть таких материалов касалась проблем финансирования проектов, связанных с развитием водных транспортных путей, ответы поступали через генерал-прокурора, директора Государственного ассигнационного банка Алексея Борисовича Куракина. Так, 20 января 1802 г. Я. Сиверс получил от князя А. Куракина копию Высочайшего рескрипта следующего содержания: «Господин действительный тайный советник и Государственного ассигнационного банка Главный директор Князь Куракин! Для скорейшего окончания предположенного канала из… Мсты в Волхов выше Новгорода повелеваем Вам… господину действительному тайному советнику Сиверсу из Государственного ассигнационного банка в продолжении пяти лет отпускать по пятидесяти тысяч рублей, а всего двести пятьдесят тысяч рублей с платежом в банке узаконенных процентов… с будущего 1803 и (до) оканчивая 1816 г. …На подлинном подписано собственною Его Императорского Величества рукою, тако: Павел». В научной литературе отмечается особое внимание Павла I к правовому регулированию вопросов финансовой и торгово-промышленной политики (29,8% от общего числа указов).