Принадлежность к единому организационному механизму государственной власти создает для органов уголовного преследования не всегда разрешимую дилемму, когда объектом расследования становятся представители верховных эшелонов этой же власти. Данное противоречие имеет системный характер и выходит за рамки национальных границ, проявляясь как в деятельности государственных юрисдикций, так и в практике международных судебных учреждений. Каково бы ни было внутреннее устройство национальной системы правосудия, прокуратура неизменно остается частью властной вертикали, подчиненной политическому руководству страны. В такой конфигурации организационных связей требование абсолютной беспристрастности при ведении дел против высокопоставленных чиновников вступает в противоречие с реальностью служебной зависимости. Возникает то, что может быть определено как институциональный конфликт интересов, — ситуация, при которой структурные связи внутри государственного аппарата объективно препятствуют независимости следствия.

Острота данной проблемы возрастает многократно, когда речь идет о должностных лицах, стоящих на вершине государственной пирамиды. Здесь обычные механизмы процессуального контроля оказываются бессильны, поскольку те, кто призван осуществлять этот контроль, сами находятся в положении прямого или опосредованного подчинения. Арчибальд Кокс, выступая в качестве специального прокурора по уотергейтскому делу, справедливо отмечал перед Сенатом США: внутренний конфликт лояльности столь велик, что ни один человек, каким бы добросовестным он ни был, не способен сохранить полную беспристрастность, а общество никогда не сможет полностью довериться результатам такого расследования.

Международное уголовное правосудие, призванное стать альтернативой национальным юрисдикциям в преследовании наиболее тяжких преступлений, столкнулось с аналогичной дилеммой. Когда предметом расследования международного трибунала становятся действия, препятствующие отправлению правосудия, возникает коллизия: орган обвинения сам может оказаться заинтересованной стороной. Здесь также возникает потребность в механизме, гарантирующем объективность процесса. История правовой мысли выработала несколько подходов к преодолению данного противоречия. Один из них — создание института независимого обвинителя, который временно или постоянно изымается из обычной системы правоохранительных органов и наделяется специальными полномочиями. Данный институт получил различное воплощение в правовых системах мира, сохраняя при этом единую логику: обеспечить такое положение органа обвинения, при котором его решения не могли бы быть поставлены под сомнение с точки зрения беспристрастности.