Контроль за целевым использованием бюджетных средств, предоставленных в форме субсидий, является важнейшим элементом системы управления государственными финансами. От эффективности контрольных механизмов зависит не только рациональность использования бюджетных ресурсов, но и достижение стратегических целей государственной поддержки промышленности. В условиях ограниченности бюджетных средств и необходимости решения задач импортозамещения и технологического развития значение эффективного контроля многократно возрастает. Правовую основу контроля за использованием субсидий составляют положения Бюджетного кодекса Российской Федерации, который определяет понятие государственного финансового контроля и устанавливает систему контрольных органов. Важное значение имеет также Федеральный закон «О государственном контроле (надзоре) и муниципальном контроле в Российской Федерации», который устанавливает общие принципы организации контрольной деятельности.

Виды контроля за использованием субсидий можно классифицировать по различным основаниям. По времени проведения выделяют текущий и последующий контроль. Текущий контроль осуществляется в процессе использования субсидии и направлен на оперативное выявление и предотвращение нарушений. Этот вид контроля реализуется через мониторинг отчетности получателей субсидий и анализ финансово-хозяйственных операций. Последующий контроль проводится после завершения использования субсидии или отдельного этапа проекта. Его целью являются комплексная оценка целевого и эффективного использования средств, выявление допущенных нарушений и их причин. Последующий контроль обычно осуществляется в форме проверок и ревизий, проводимых уполномоченными органами.

По субъектам контроля выделяют государственный, ведомственный, вневедомственный и аудиторский контроль. Государственный контроль осуществляется специализированными контрольными органами, такими как Федеральное казначейство, Счетная палата Российской Федерации. Эти органы обладают широкими полномочиями по проверке законности и эффективности использования бюджетных средств. Ведомственный контроль проводится главными распорядителями бюджетных средств в отношении подведомственных им получателей субсидий. Министерство промышленности и торговли Российской Федерации осуществляет контроль за использованием субсидий, предоставленных промышленным предприятиям. Ведомственный контроль включает проверку отчетности, мониторинг достижения целевых показателей и проведение выездных проверок. Вневедомственный контроль осуществляется контрольными органами, не входящими в структуру главного распорядителя бюджетных средств. К таким органам относятся налоговые органы, правоохранительные органы. Вневедомственный контроль позволяет обеспечить объективность проверок и выявить нарушения, которые могли быть не замечены в ходе ведомственного контроля. Аудиторский контроль проводится независимыми аудиторскими организациями в соответствии с Федеральным законом от 30 декабря 2008 г. № 307-ФЗ «Об аудиторской деятельности». Аудиторский контроль направлен на проверку достоверности финансовой отчетности и соблюдения правил бухгалтерского учета. В отношении получателей субсидий аудит может проводиться как по инициативе самого получателя, так и по требованию главного распорядителя бюджетных средств.

По источникам контрольных данных выделяют документальный и фактический контроль. Документальный контроль основан на проверке первичных учетных документов, бухгалтерской отчетности, договоров и других документов, подтверждающих совершение хозяйственных операций.

Проверки подразделяются на плановые и внеплановые. Плановые проверки проводятся в соответствии с утвержденными планами контрольной деятельности. Внеплановые проверки могут быть назначены при получении информации о возможных нарушениях, жалоб заинтересованных лиц или по поручению вышестоящих органов. Внеплановые проверки обладают большей эффективностью, так как проводятся внезапно и не позволяют проверяемым субъектам скрыть нарушения. Ревизия представляет собой наиболее глубокую форму контроля, включающую комплексную проверку финансово-хозяйственной деятельности получателя субсидии за определенный период. В ходе ревизии проверяются законность всех финансовых операций, правильность ведения бухгалтерского учета, сохранность имущества. Ревизии проводятся специализированными контрольно-ревизионными подразделениями и требуют значительных временных затрат. Обследование представляет собой оперативную форму контроля, направленную на изучение отдельных сторон деятельности получателя субсидии. Обследование может включать анализ документов по конкретному вопросу, осмотр объектов, опрос должностных лиц. Обследования часто проводятся как предварительный этап перед назначением более глубокой проверки или ревизии.