Особенности организации местного самоуправления в муниципальных образованиях, построенных на основе двухуровневой системы, отражают сложившееся за долгие годы конституционно закрепленное устройство. Конституция Российской Федерации на момент ее принятия в 1993 г. установила поселенческо-территориальный принцип организации местного самоуправления. Этот подход позволил выделить сельские и городские поселения (поселенческий уровень) и создать муниципальные районы и городские округа (территориальный уровень), тем самым формируя двухуровневую систему организации местного самоуправления, обязательную для всей страны.

Ситуация начала изменяться с 2014 г., когда ряд субъектов Российской Федерации начал реформировать территориальную организацию местного самоуправления, преобразуя муниципальные районы в городские округа и одновременно ликвидируя сельские и городские поселения. Этим инициировалась трансформация двухуровневой системы в одноуровневую, что в тот период противоречило ч. 1 ст. 131 Конституции РФ в редакции до 2020 г.

К числу причин названных изменений относят: финансовую экономию на содержание органов местного самоуправления и упрощение управленческих процессов.

В 2021 г. проект федерального закона «Об общих принципах организации местного самоуправления в единой системе публичной власти», предложенный к рассмотрению Государственной Думой, утверждал одноуровневую систему как единственно возможную для всей Российской Федерации. Однако данная норма вызвала широкую волну критики со стороны ученых и специалистов-практиков из разных регионов страны.

В марте 2025 г. законодательные собрания ряда субъектов Российской Федерации внесли поправки к вышеуказанному законопроекту относительно закрепления права субъектов РФ самостоятельно выбирать форму территориальной организации местного самоуправления, учитывая свои экономические, исторические, географические традиции и обычаи.