Возникновение и становление правовых институтов в законодательстве неразрывно связано с развитием любого государства. Не стал исключением и институт прекращения уголовного дела в отечественном праве, возможность применения которого впервые упомянута еще в редакции Русской Правды.

Первоначально основанием для освобождения от уголовной ответственности являлось наступление смерти, впоследствии в результате изменений законодательства в разные эпохи развития права получили распространение и другие основания освобождения от уголовной ответственности и прекращения уголовного дела.

Предпосылки формирования института прекращения уголовного дела возникли в период действия Судебников 1497 г. и 1550 г., а также Соборного уложения 1649 г., в которых предписывалась возможность отказа от уголовного преследования в случае смерти преступника и по прошествии длительного времени с момента совершения преступления (аналог современного основания прекращения уголовного дела в связи с истечением сроков уголовного преследования).

Уложением о наказаниях уголовных и исправительных 1845 г., фактически являвшимся первым уголовным кодексом, введено освобождение от уголовной ответственности в виде примирения сторон и неизлечимой болезни лица, совершившего преступление.

После Судебной реформы 1864 г. в Уставе уголовного судопроизводства появилось понятие, что производство следствия может быть прекращено только судом. При этом уголовное дело в ходе следствия не мог прекратить даже сам судебный следователь: не обнаружив в деянии признаков преступления или установив иные препятствующие производству по делу юридические обстоятельства, он был обязан обратиться через прокурора в окружной суд, который и прекращал дело.