Анализ таможенного законодательства, регламентирующего осуществление взаимной административной помощи таможенных органов государств — членов ЕАЭС, сложившейся на его основе правоприменительной практики позволяет выделить следующие проблемы в данной области:

1. Связанные с евразийской экономической интеграцией:

а) сокращение объема общественных отношений, регулируемых институтом взаимной административной помощи таможенных органов государств — членов ЕАЭС. Так, такие основные виды (способы) взаимной административной помощи таможенных органов, как взаимное признание решений, принятых таможенными органами, и результатов проведения таможенного контроля, обмен информацией были закреплены в праве ЕАЭС в качестве принципов или направлений деятельности таможенных органов государств — членов ЕАЭС. При дальнейшем развитии евразийской интеграции взаимная административная помощь таможенных органов перестает существовать в качестве самостоятельного института и становится фактически внутриведомственным взаимодействием;

б) право ЕАЭС отличается большей негибкостью по сравнению с международными договорами о сотрудничестве и взаимопомощи в таможенных делах. Поскольку последние представляют собой главным образом двусторонние соглашения (как правило, межведомственного характера), то процедура их актуализации требует согласования двух субъектов международной деятельности, при этом такая актуализация в полной мере учитывает специфику осуществления взаимной административной помощи на двустороннем уровне, что представляется затруднительным либо невозможным обеспечить в рамках наднационального регулирования в условиях ЕАЭС;

в) межотраслевой характер института взаимной административной помощи, обуславливающий невозможность его исчерпывающей регламентации в праве ЕАЭС, а также иных источниках таможенного права, наличие существенных различий в материальном и процессуальном законодательстве государств — членов ЕАЭС, регулирующем как осуществление взаимной административной помощи, так и иные сопутствующие вопросы. Данная проблема особенно усиливается в связи с тем, что институт взаимной административной помощи таможенных органов охватывает два отдельных направления ее осуществления — в целях обеспечения соблюдения таможенного законодательства (таможенный контроль) и предупреждения и пресечения нарушений международных договоров и актов в сфере таможенного регулирования (правоохранительная деятельность);