Уникальность экосистемы озера Байкал и прилегающих к нему территорий давно ставит перед Россией цель сохранить ее и передать последующим поколениям в наименее измененном виде. Обычные правовые средства охраны водных объектов и создание особо охраняемых природных территорий (далее — ООПТ), несомненно, не могут справиться с достижением данной цели. Также необходимо учитывать и размеры самого озера Байкал. В связи с этим только выделение огромной по площади территории с особым правовым режимом может обеспечить хотя бы частичную сохранность уникальной экосистемы озера.

Байкальская природная территория, созданная в соответствии с Федеральным законом «Об охране озера Байкал» (далее — ФЗ об охране озера Байкал), является уникальной особо охраняемой территорией в Российской Федерации с точки зрения правового регулирования и правового режима. Это единственная особо охраняемая территория, правовой режим которой регулирует самостоятельный федеральный закон. Правовой режим Байкальской природной территории (далее — БПТ) был специально разработан для обеспечения наиболее эффективной охраны озера Байкал и его уникальной экосистемы. Подобной особо охраняемой территории в России больше нет. Вместе с этим озеро Байкал имеет большое «хозяйственное значение с развитой промышленностью на прилегающих к озеру территориях, на которых проживает несколько тысяч человек». Необходимость учитывать существующий антропогенный элемент стала одним из факторов разработки особенного правового режима Байкальской природной территории.

К основным элементам правового режима Байкальской природной территории можно отнести сложное экологическое зонирование в сочетании с установлением прямых запретов на осуществление определенных видов хозяйственной деятельности, определение специальных требований по осуществлению природопользования и обязательное проведение федеральной государственной экологической экспертизы.

Уникальность экологического зонирования, предусмотренного в ст. 2 ФЗ об охране озера Байкал, заключается в сочетании традиционных видов зон и территорий, направленных на охрану окружающей среды и природных объектов (водоохранной зоны, рыбохозяйственной заповедной зоны, ООПТ), и в создании БПТ с выделением трех экологических зон (центральной экологической зоны, буферной экологической зоны и экологической зоны атмосферного влияния) с различным объемом запретов и ограничений (ст. 10, 11) в зависимости от влияния конкретной зоны на сохранение уникальной экосистемы озера Байкал и территорий, имеющих ключевое значения для него. При этом размеры водоохранной и рыбохозяйственной заповедной зоны установлены специальными актами. Таким образом, имеющиеся средства охраны окружающей среды были адаптированы и скорректированы, и вместе с этим был выработан новый подход к охране природной среды озера Байкал в виде создания Байкальской природной территории с уникальным правовым режимом.

Подобный подход стал причиной достаточно сложного правового режима Байкальской природной территории, заключающегося в «наложении» правовых режимов различных территорий и зон в сочетании с правовыми режимами различных категорий и видов земель. Во-первых, установлены правовые требования, запрещающие и ограничивающие осуществление хозяйственной деятельности (ст. 5–6, 13–14, 18 и др. ФЗ об охране озера Байкал), и требования по осуществлению природопользования (ст. 9) в отношении всей территории БПТ. Во-вторых, установлены требования для центральной и буферной зон (ст. 8, 10–12, п. 2 ч. 1 ст. 14 ФЗ об охране озера Байкал). Самый строгий режим предусмотрен для центральной экологической зоны, в отношении которой действует специальный перечень запрещенных видов деятельности (ст. 11 ФЗ об охране озера Байкал и Постановление Правительства Российской Федерации «Об утверждении перечня видов деятельности, запрещенных в центральной экологической зоне Байкальской природной территории»). В-третьих, необходимо помнить о требованиях к осуществлению хозяйственной деятельности в границах водоохранной зоны и рыбохозяйственной заповедной зоны озера Байкал.