В федеративном государстве принцип разделения властей реализуется и на уровне регионов. Так, Федеральный закон от 21 декабря 2021 г. № 414-ФЗ «Об общих принципах организации публичной власти в субъектах Российской Федерации» закрепляет в качестве принципа деятельности органов, входящих в систему публичной власти в субъекте РФ, их разделение на три ветви (п. 7 ч. 1 ст. 2).

В научной литературе отмечается, что регионы при закреплении механизма разделения властей исходят из двух вариантов: первый установлен в ст. 10 Конституции России, второй предусмотрен федеральным законом, закрепляющим общие принципы организации власти.

Очевидно, что законодательное регулирование должно развивать исключительно основы, заложенные в основном законе 1993 г., и не может устанавливать отдельную модель анализируемого правового института.  Так, Постановление Конституционного Суда РФ от 18 января 1996 г. № 2-П закрепляет, что регионы в основном должны опираться на федеральную схему взаимоотношений исполнительной и законодательной властей. Тем не менее данная формулировка предполагает возможность определенной вариативности со стороны законодателей субъектов Федерации.

Федеральный закон от 21 декабря 2021 г. № 414-ФЗ унифицированно урегулировал организационно-правовую сферу регионов, полностью предопределяя взаимоотношения их властных структур. Среди исследователей подобный подход оценивается критически, поскольку не позволяет обеспечить учет интересов и самостоятельность субъектов РФ.

Кроме того, данная логика правового регулирования публичной власти отражает тенденцию автономизации федеративных отношений, одним из проявлений которой является детальное закрепление статуса субъекта Федерации в текущем законодательстве.