Система управления окраинами Российской империи в XIX столетии была представлена различными административно-территориальными единицами: наместничествами, генерал-губернаторствами, областями, округами и др. В Якутском крае в 1805 г. было учреждено особенное гражданское правление – Якутское областное правление под председательством областного начальника с подчинением Иркутскому общему губернскому управлению. Затем, в ходе административных преобразований Сибири в 1822 г., в области было создано пять округов (Якутский, Олекминский, Вилюйский, Верхоянский и Среднеколымский) во главе с окружными управлениями и исправниками. Ясачные волости заменили улусы и наслега, которые, по мнению исследователей, являются одной из особенностей управления Якутии. С 1851 г. вводится должность губернатора, подчиненного генерал-губернатору Восточной Сибири, затем Иркутскому генерал-губернатору. Губернский совет, получивший наименование «Общего Присутствия Якутского губернатора с Областным Правлением и Областным прокурором», состоял из губернатора, членов Областного правления (вице-губернатора с 1883 г. и советников) и областного прокурора.

Отличалась разнообразием и налоговая политика империи, так, большинство населения Якутской области выплачивало натуральную подать (ясак). Малочисленное крестьянское сословие проживало «островками» на огромной территории и, в связи с неустойчивостью урожаев, земледелие совмещалось со скотоводством, охотой, рыболовством и извозом. Немногочисленным было и чиновничество. К началу 1890-х гг. гражданское ведомство области составляли 50 служащих. В округах властное представительство осуществляли управления в составе 2–3 чиновников. Большая часть населения проживала разрозненно на больших территориях, и их взаимодействие с гражданской властью ограничивалось уплатой налогов и случаями возникновения судебных тяжб.

В этих обстоятельствах особо значимой представляется деятельность Православной церкви. В церковно-административном отношении территория Якутии последовательно входила в состав Тобольской митрополии (1641–1731), Иркутской (1731–1856) и Камчатской (1856–1869) епархий. В 1869 г. был подписан императорский указ об учреждении с 1870 г. самостоятельной Якутской и Вилюйской епархии. Заметим, что с начала XVIII в. Русская церковь являлась частью государственного аппарата с высшим органом управления – Святейшим Правительствующим Синодом «чрез которое действует в церковном управлении верховная самодержавная власть, его учредившая».

Епархиальное управление Якутии насчитывает имена десяти архиереев. Первым владыкой Якутским и Вилюйским стал викарий Камчатской епархии Дионисий (Хитров), ученик и соратник свт. Иннокентия (Вениаминова), более четырех десятилетий занимавшийся миссионерской деятельностью, возглавлявший Комитет по переводу богослужебных книг, автор букваря и грамматики якутского языка. Его тринадцатилетнее служение на якутской кафедре (1870–1883) заложило основы епархиального управления. Владыка проявлял мудрость и внимание ко всем вопросам духовного ведомства: попечительство духовно-учебных заведений, забота о вдовах и сиротах, открытие новых приходов, построение храмов. Будучи миссионером, епископ предпринимал продолжительные путешествия по епархии. В 1870 г. под его председательством начал свою деятельность епархиальный Комитет Православного миссионерского общества.